يستخدم الهضم اللاهوائي إما للتخلص من النفايات العضوية (مثل روث الحيوانات أو الفضلات البشرية) أو لإنتاج الغاز الحيوي. كل من هذه الصهاريج هاضم لاهوائي يتواجد في المستنقعات والرّواسب للمواد العضوية وحقول الأرز والجهاز الهضمي لبعض الحيوانات، والتي تشير عادة إلى «نشاط لاهوائي». مثال: بعض الحشرات كالنمل الأبيض أو بعض الفقاريات كالحيوانات المجترة.